Berakhirnya kekhalifahan Umar bin Khatab merupakan babak baru fase Ulum Al-Qu’ran. Walaupun belum dituliskan dalam sebuah buku, ulum Al-Qur’an sudah mulai berkembang. Sehingga bisa juga disebut sebagai masa perintisan pembukuan Al-Qur’an. Masa ini berlangsung sejak Usman bin Affan memimpin sebagai khalifah sampai masa awal Bani Umayyah.

Pada zaman Usman bin Affan kekuasaaan Islam telah tersebar meliputi daerah-daerah selain Arab yang memiliki sosio-kultur berbeda. Hal ini menyebabkan percampuran kultur antar daerah. Sehingga ditakutkan budaya arab murni termasuk didalamnya lahjah dan cara bacaan menjadi rusak atau bahkan hilang tergilas budaya dari daerah lainnya. Implikasi yang paling ditakutkan adalah rusaknya budaya oral arab akan menyebabkan banyak perbedaan dalam membaca Al-Qur’an.

Oleh karenannya, Khalifah Usman bin Affan memerintahkan pembuatan sebuah mushaf Al-Imam, dan membakar semua mushaf selain mushaf Al-Imam ini. Dari sini muncul Ilmu Rasm Al-Qur’an atau disebut Ilmu Rasm Al-Utsmani.

Masa berikutnya adalah masa kekhalifahan Ali bin Abi Thalib. Pada masa ini dikenal dengan nama masa I’jam Al-Qur’an. Adalah Abu Al-Aswad Al-Du’ali yang ditugaskan untuk menyusun kaedah-kaedah bahasa arab yang sesuai dengan Al-Qur’an. Diharapkan penyusunan kaedah-kaedah bahasa arab ini dapat melindungi Al-Qur’an dari kesalahan-kesalahan bacaan. Oleh karenanya pada masa ini juga dikenal dengan masa munculnya Ilmu Nahwu. Kemudian diikuti dengan munculnya Ilmu I’rab Al-Qur’an.

Berbeda dengan masa sebelumnya, pada masa Bani Umayyah muncul keinginan untuk menyebarkan Ulum Al-Qur’an melalui riwayat bukan melalui penulisan. Diantara para sahabat yang telah memberikan peran dalam periwayatan Ulum Al-Qur’an adalah Khulafaur Rasyidin, Ibnu Abbas, Ibnu Mas’ud, Zaid bin Tsabit, Abu Musa Al-Ay’ari, dan Abdullah bin Zubair.

Sedangkan dari kalangan tabi’in, mereka adalah Mujahid, ‘Atha’, Ikrimah, Qatadah, Hasan Al-Bashri, Sa’id bin Jubair, Zaid bin Aslam. Sesudah masa perintisan ini , pembukuan Ulum Al-Qur’an mulain berkembang (miftahhilmi)

(lih. Manahil Al-Irfan, Syeikh Muhammad Abdul Adzim Al-Zarqani, di-tahqiq oleh Ahmad bin Ali, Darul Hadis, Kairo-Mesir, hal. 28-29)